1. Các tổ chức giúp việc Cục trưởng
a) Phòng Tổ chức cán bộ - Hợp tác quốc tế;
b) Phòng Kế hoạch -Tài chính;
c) Phòng Nghiệp vụ y, dược và Trang thiết bị y tế;
d) Phòng Y tế dự phòng và Các chương trình y tế;
đ) Văn phòng Cục.
2. Các đơn vị trực thuộc
a) Bệnh viện Giao thông vận tải Yên Bái;
b)Bệnh viện Giao thông vận tải Hải Phòng;
c)Bệnh viện Giao thông vận tải Vĩnh phúc;
d)Bệnh viện Giao thông vận tải Vinh;
e) Bệnh viện Giao thông vận tải Đà Nẵng;
g) Bệnh viện Giao thông vận tải Huế;
h) Bệnh viện Giao thông vận tải Nha Trang;
i) Bệnh viện Giao thông vận tải Tháp Chàm;
k) Bệnh viện Giao thông vận tải thành phố Hồ Chí Minh;
l) Phòng khám đa khoa Giao thông vận tải Gia Lâm;
m) Phòng khám đa khoa Giao thông vận tải Bắc Giang;
o) Phòng khám đa khoa Giao thông vận tải Thanh Hoá;
p) Trung tâm bảo vệ sức khoẻ lao động và môi trường Giao thông vận tải;
r) Trung tâm Điều dưỡng phục hồi chức năng bệnh nghề nghiệp Đà Lạt;
s) Trung tâm Dạy nghề y tế Giao thông vận tải;
t) Trung tâm Giám định y khoa Giao thông vận tải.
u) Bệnh viện Nam Thăng Long
v) Trung tâm Y tế Đường bộ 2
x) Trung tâm phục hồi chức năng bệnh nghề nghiệp giao thông IV
Lãnh đạo Cục Y tế Giao thông vận tải
1. Cục Y tế Giao thông vận tải do Cục trưởng lãnh đạo, có một số Phó Cục trưởng giúp việc.
2. Cục trưởng chịu trách nhiệm trước pháp luật và Bộ trưởng về toàn bộ hoạt động của Cục.
3. Cục trưởng do Bộ trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm. Các Phó cục trưởng do Bộ trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Cục trưởng.